配祀神尊
註生娘娘與十二婆姐
天后宮正殿左側的育麟宮神龕內，供奉註生娘娘與十二婆姐及送子觀音。
十二婆姐
註生娘娘兩側配祀有抱著或背著嬰兒的十二女神，姿態各異，合稱為「十二婆姐」、「十二媬母」、「十二延女」。有一種說法認為祂們是按十二地支（即十二生肖）所搭配媬母，每位或抱或背嬰兒一人，藉以顯示每年都能生兒育女的象徵意涵。民間又認為祂們之中有六好六壞，除了表示生兒育女之外，還有「賢與不肖」，差別就在積善積德的厚薄而定。這「十二婆姐」分別是註生婆姐陳四娘、註胎婆姐葛四娘、監生婆姐阮三娘、抱送婆姐曾生娘、守胎婆姐林九娘、轉生婆姐李大娘、護產婆姐許大娘、註男女婆姐劉七娘、送子婆姐馬五娘、安胎婆姐林一娘、養身婆姐高四娘、抱子婆姐卓五娘等。
註生娘娘
本地人又稱「註生媽」，是負責管理生兒育女的女神，掌有「生育簿」，記載著婦女該生幾個男孩和女孩，同時也負責安胎、生產和保護幼兒的工作，因此，過去常常是民間求良緣、不孕求子、求生男丁和安胎待產的婦女虔誠祭拜的女神。
送子觀音
送子觀音是民間婦女最喜歡崇拜的佛教神衹之一，其特徵是懷中抱著小男孩。在昔時認為「不孝有三，無後為大」，重視香火薪傳的年代裡，尤其面臨生兒育女困擾的婦女所膜拜。目前被供奉在育麟宮中，其造型採坐姿，右腳單腳翹起盤於左膝，右手懷抱一男嬰，慈眉善目的面貌，呈現女神的特點。
文昌帝君
文昌本是星宿的名稱，民間稱為文昌君、文昌神，被尊稱文昌帝君，是主掌文運的星宿，素為士子和考生所崇拜。
清嘉慶勅令編入祀典中，學校方面，歷代要求建廟立祠來奉祀，因祂是掌管學務的。祈求考試順利，金榜題名。
註記
天聾、地啞是文昌帝君的兩個侍童，一個掌管文人錄運薄冊，一個手持文昌大印。
意思是：能知者不能言，能言者不能知。文昌帝君掌管文章科舉，關係富貴貧賤，保密問題很重要，以免天機泄漏。
至聖先師與媽祖聖父母
至聖先師
孔子是中國古代的大思想家，名揚四海，婦孺皆知。自漢武帝採納董仲舒提出的“罷黜百家，獨尊儒術”的建議後，這位儒家學派的創始人便成為最具影響力、感染力的先師。歷代皇帝對孔子追贈了各種稱號，如唐代稱他為聖人。封為文宣王，元代加封他為“大成至聖文宣王”，明代封其為“大成至聖先師”，清代稱其為“大成至聖文宣先師”。後世儒者所欽仰，尊之為「至聖先師」、「萬世師表」。
媽祖聖父母
中國古代崇祀聖人的祠通常在後殿設置父母殿，配祀主神的先人，嘉慶六年議准從祀天后父母，依雍正三年追封關帝先代之例，敕封神父『積慶公』；神母『積慶夫人』。
中壇元帥
據傅是《封神傳》中陳塘關總鎮李靖第三個兒子，名喚哪吒。
本來是玉皇大帝駕前的五營神將中的中營元帥，固為世間多妖魔，玉皇大帝於是命他下凡來鎮壓妖魔鬼怪。
又稱「三太子」
在宮廟外有五營來鎮守社里外圍，這五營便以李哪吒執掌中營，率領各營神兵將戊守，護衛境內安住，所以稱為中壇元帥。都供在神桌前列中間，以便隨時聽令行事。神像採立姿，以七歲孩童的身驅面貌，臉頰渾圓，稚氣的酒窩為特徵，頭戴太子帽，身穿甲胄，右手高舉紫焰蛇矛寳—火尖槍，左手握乾坤圈，腳踩金霞風火輪，是眾神衹中，身居動態，而且隨時可以上陣典型。
鎮守護衛 風調雨順
風神爺
又稱風伯、風天王、風廉、箕伯，「掌八風消息，通五運之氣候」。因祂能「致風氣，成萬物」，有功於社稷國家，就演變成關係到「濟時有物」的風調雨順和四時平安的神性。
伽藍爺
又稱伽藍尊王、伽藍神，是一種護衛的神祇。狹義而言，指伽藍土地的守護神；廣義而言，泛指所有擁護佛法的諸天善神。是保護寺廟的神，澎湖天后宮的伽藍爺神像造型係採軟身，將頭、四肢與身驅分別製作、組裝，完成後再穿神袍，因此祂的關節可以調活動，成為天后宮眾神像造型中的一個特例。
虎爺
虎爺，又稱虎爺將軍、下壇將軍，是民間信仰中十分常見的守護神祇，多侍奉於媽祖、城隍爺、土地公等大神座下，是一尊配祀神。
傳說虎爺秉性忠勇，能驅邪鎮煞、守禦境土，保佑信眾消災解厄、遠離小人侵擾。虎爺亦是孩童的守護者，民間有許多為小孩祈福、祈求平安健康的習俗。虎爺威猛而不失慈護，為鎮宅保安的重要守護力量。
土地公
又稱為土地神、地神、福德正神，在中國及臺灣的民間信仰中，扮演著不可或缺的角色。他的信仰歷史悠久，最早可追溯至五千年前的農業社會。根據歷史記載，土地公的崇拜在漢朝時期便已成形，那時候，農民對土地的依賴使得他們逐漸形成對土地神的崇拜，以期獲得良好的收成與庇佑。傳統上，土地公被認為是主管某片土地的神明，他不僅保護著農作物的生長，更對土地上居住的生靈負有責任。
民間神像雕塑師共同的造像依循：白鬍鬚、白頭髮、兩眼微瞇、笑容可掬，古時候員外的老人打扮，臉龐圓而豐盈，採坐姿造型，安座太師椅，右手執如意，左手拿元寳，給人慈祥和藹的印象。
澎湖天后宮之土地公為泥塑神像，年代久遠，古法做工，故白鬍子、眉髮以泥塑雕之。
斗姥元君
又稱「斗母」，其法像是一位三目、四頭、八臂，手中分別執有金印、弓、戟、日、月、寶鈴等法器，中央兩手結斗姥印，盤腿坐於蓮花寶壇的女神。其法相象徵「道體」，手持日月二輪應陰陽二氣，而四頭應四象，八臂應八卦，持寶杵以降魔禦患，執孤矢以救劫消災，振法鈴以濟人度鬼。斗姥元君名號中的「斗」是指北斗七星，「姥」則是母親的意思。
